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从水生生物指标监测来看，万泉河水生生物物种丰富。2023年共监测到水生生物384个分类单元，其中，鱼类22科67种、大型底栖无脊椎动物87科96个分类单元、浮游动物4个类群50种、浮游植物7个类群171种。流域内土著鱼类暗花纹唇鱼、高体鳑鲏、海南马口鱼、海南似鱎和黄尾鲴等分布广泛，指示水体清洁的水生昆虫EPT(蜉蝣、石蝇和石蛾三类水生昆虫的统称)类群在河流的上游及中游河段几乎连续分布，表明万泉河流域水质清洁、水生态环境质量好。
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