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从水生生物指标监测来看，万泉河水生生物物种丰富。2023年共监测到水生生物384个分类单元，其中，鱼类22科67种、大型底栖无脊椎动物87科96个分类单元、浮游动物4个类群50种、浮游植物7个类群171种。流域内土著鱼类暗花纹唇鱼、高体鳑鲏、海南马口鱼、海南似鱎和黄尾鲴等分布广泛，指示水体清洁的水生昆虫EPT(蜉蝣、石蝇和石蛾三类水生昆虫的统称)类群在河流的上游及中游河段几乎连续分布九游会登录九游会登录微信，表明万泉河流域水质清洁、水生态环境质量好。